En 1957, l’idée d’un hôpital naît à Caraquet. À ce moment-là, la région manque de services de santé : en hiver, il faut utiliser le chasse-neige ou même une motoneige pour transporter les personnes gravement malades jusqu’à Tracadie.
Un comité de l’hôpital est formé le 21 avril 1958 et constitué en société à but non lucratif en juillet la même année. La population de Caraquet démontre sa solidarité en acceptant l’incorporation de la ville afin d’être en mesure d’endosser un prêt de plus de 800 000 $ pour la construction de l’hôpital. Les Religieuses Hospitalières de Saint-Joseph en assumeront la responsabilité. Elles se montrent d’abord réticentes quant au projet. L’année suivante, le conseil du village change et on forme un nouveau conseil provincial chez les Religieuses Hospitalières; les négociations doivent reprendre du début.
Le gouvernement provincial approuve ensuite le projet et promet une contribution de 307 000 $, mais il refuse de verser l’intérêt et la valeur de dépréciation de l’hôpital. Ainsi, sur la recommandation du ministre de la Santé, le Dr-Georges-L. Dumont, des démarches sont faites pour constituer une partie de la paroisse de Caraquet en municipalité. La ville est constituée le 15 novembre 1961. Le 24 février 1962, la nouvelle municipalité s’engage formellement, entre autres, à financer 60 pour cent des coûts d’immobilisation annuels de l’hôpital.
L’hôpital de 55 lits est inauguré durant le premier Festival acadien de Caraquet le 15 août 1963, à l’occasion de la fête nationale des Acadiens.
Contrairement à la plupart des hôpitaux fondés par les Religieuses Hospitalières, celui de Caraquet ne porte pas le nom d’Hôtel-Dieu. Le nom d’Enfant-Jésus est choisi par mère Violette, car c’est à la suite d’une neuvaine à l’enfant Jésus, avec la promesse d’honorer son nom, qu’elle obtient l’autorisation d’assumer la responsabilité de l’hôpital.
En 1983, l’hôpital subit une rénovation majeure. En 1989, on y compte 15 médecins.
De 1991 à 1994, l’hôpital est partiellement rénové et des travaux réalisés au coût de 9,7 millions de dollars permettent de faire un agrandissement de 3 700 m².
De 2004 à 2008, l’hôpital devient un centre de santé communautaire, mais retrouve son statut d’hôpital en 2008.